Als Ursache für diese Probleme gilt die so genannte epigenetische Programmierung. Sie regelt mithilfe verschiedener Schaltermoleküle, wann welches Gen an- oder ausgeschaltet wird und prägt so Aussehen und Funktion einer Zelle. Erwachsene Körperzellen, die ganz genau festgelegte Aufgaben erfüllen müssen, haben dabei eine völlig andere Programmierung als Eizellen, aus denen sich jede Art von Körpergewebe bilden muss. Wenn aus einer solchen spezialisierten Körperzelle ein neuer Organismus entstehen soll, muss das erwachsene Programm dementsprechend gelöscht und durch ein embryonales ersetzt werden. Und genau das funktioniert der gängigen Theorie zufolge beim Klonen nicht korrekt.
Als Yang und seine Kollegen nun jedoch das Muster an- und abgeschalteter Gene bei geklonten und natürlich gezeugten Rinderembryonen verglichen, erlebten sie eine Überraschung: Die Muster der wenige Tage alten Embryonen stimmten zu mehr als 99 Prozent überein ? eine Ähnlichkeit, die der zwischen nicht verwandten, natürlich empfangenen Embryonen entspricht. Mit den Bindegewebszellen, aus denen das zum Klonen verwendete Erbmaterial ursprünglich stammte, hatten die geklonten Embryonen dagegen nur noch sehr wenig Ähnlichkeit.
Zumindest während der ersten paar Tage nach dem Nukleustransfer sei demnach die Umprogrammierung praktisch vollständig, so die Forscher. Es sei jedoch möglich, dass sich die wenigen vorhandenen Abweichungen im Lauf der Entwicklung potenzierten und zu größeren, schwerwiegenden Veränderungen führten, die dann wiederum die großen Probleme beim Klonen verursachen.