Überraschender waren aber die Folgen des Zusammenstoßes mit dem Kometen Shoemaker-Levy-9. Die bis zu zwei Kilometer großen Bruchstücke des Schweifsterns stürzten nacheinander alle auf den gleichen Breitengrad auf Jupiter, und zwar 45 Grad südlicher Breite. Die dunklen Narben der Zusammenstöße waren teilweise wochenlang zu sehen. Durch die hohen Temperaturen bei der Kollision entstand die Verbindung Hydrogencyanid. Diese Verbindung ist vor allem in einem zehn Grad breiten Gürtel rund um die Einschlagstellen zu finden, zeigen jetzt die Cassini-Aufnahmen.
In den Wolkenbändern, die Jupiter umgeben, werden Stoffe zwar schnell rund um den Planeten transportiert, der Austausch zwischen den Wolkenbändern scheint aber begrenzt zu sein. Umso überraschender ist die Verteilung von Kohlendioxid, das vermutlich ebenfalls beim der Kollision aus im Kometen vorhandenen Kohlenmonoxid entstand. Kohlendioxid ist vor allem in einem Band zwischen 50 und 60 Grad südlicher Breite und dann noch einmal zwischen 70 und 90 Grad nördlicher Breite zu finden.
Diese Verteilung stellt die Forscher vor ein Rätsel. Team-Mitglied Michael Flasar spekulierte gegenüber dem Nachrichtendienst Space.com, dass die beiden Stoffe sich womöglich in unterschiedlichen Höhen der Atmosphäre verteilt hätten und von verschiedenen Strömungen erfasst worden seien. Möglicherweise sei die Reaktion, bei der Kohlendioxid entsteht, auch komplizierter als gedacht.