Mertelsmann war in Mainz und Freiburg der Vorgesetzte von Friedhelm Herrmann. Dieser steht im Verdacht, zusammen mit Marion Brach zwischen 1988 und 1993 wissenschaftliche Arbeiten gefälscht und damit Forschungsgelder erschlichen zu haben. Mertelsmann, der Mitautor von 170 Veröffentlichungen der Gruppe um Herrmann ist, hatte stets betont, zu keinem Zeitpunkt Hinweise auf nicht regelgerechtes Verhalten in der Arbeitsgruppe erhalten zu haben.
Der Fall Herrmann gilt als bislang größter Wissenschaftsskandal Deutschlands. Herrmann ließ sich Mitte 1998 freiwillig von seiner Professur beurlauben und wurde von der Deutschen Forschungsgemeinschaft (DFG) von einer Tätigkeit als Gutachter und von der Antragstellung ausgeschlossen.
Die DFG sah die Aufsichtspflicht durch Mertelsmann verletzt und hatte den Krebsmediziner im Mai dieses Jahres wegen „wissenschaftlichen Fehlverhaltens“ von DFG-Ämtern ausgeschlossen. Für die Dauer von drei Jahren dürfe Mertelsmann kein Gutachter mehr sein, nicht in DFG-Gremien arbeiten und keine Forschungsförderung beantragen.