Bereits in den 70er Jahren entdeckten Wissenschaftler jedoch, dass TBT und seine Abbauprodukte Di- und Monobutylzinn schon in geringen Mengen in den Hormonhaushalt kleinerer Wassertiere eingreifen und etwa zu Deformationen bei Austern und Geschlechtsveränderungen bei Schnecken führen.
Umweltverbände begrüßten das Verbot. Kritik erntete die IMO jedoch von der ORTEP, einer internationalen Organisation der Hersteller von Organozinnverbindungen, zu denen auch TBT zählt. Laut ORTEP könnten weniger wirksame Schiffsanstriche künftig an der Verbreitung fremder Arten rund um den Globus schuld sein. In der Vergangenheit sorgten im Ballastwasser von Schiffen eingeschleppte Arten wie die Zebramuschel bereits für gravierende Schäden in heimischen Ökosystemen. Die Kosten für die Entfernung alter Schiffsanstriche werden auf rund eine Milliarde US-Dollar geschätzt.