Seit Anfang des 10. Jahrhunderts ging es mit der alten Kulturmetropole bergab. Interne Machtkämpfe zwischen den Provinzpotentaten und eine Einwanderungswelle arabischer Beduinenstämme von Süden her sorgten für eine allmähliche Erosion der städtischen Kulturzentren. Die Handelswege wurden immer unsicherer, die Landwirtschaft ging zurück. Die nomadisierenden Beduinen wie die Banu Numair beherrschten schließlich auch das gesamte Balikh-Tal, in dem sich ar-Raqqa befindet. Die in Zelten wohnenden Beduinen interessierten sich nicht für Handel, nicht einmal für Ackerbau und für feste Wohnstätten schon gar nicht. Die einzelnen Stämme bekriegten sich gegenseitig, plünderten in den Häusern der alteingesessenen Bevölkerung und versklavten die Einwohner. Mit einer kurzen Unterbrechung in der Mitte des 11. Jahrhunderts, als der numairidische Fürst Mani’ibn Shabib urbane Traditionen pflegte, dauerte dieser Zustand bis 1087, als der türkische Volksstamm der Seldschuken aus Zentralasien einwanderte und den Norden Syriens besetzte. Dank ihrer Militärtechnik und ihrer Verwaltungstraditionen verdrängten sie unter ihrem Sultan Malikschah die Beduinen und begründeten eine neue, auf städtische Machtzentren fußende islamische Ordnung. Eine straffe Militärorganisation, staatliche Einnahmen durch Zollstellen und schließlich die Gründung von rechts- und Verwaltungsschulen sorgten für eine neue wirtschaftliche und kulturelle Blüte der Region.
Die Blütezeit unter den Seldschuken war für ar-Raqqa jedoch nur von relativ kurzer Dauer. In der zweiten Hälfte des 12. Jahrhunderts verwandelten die Mongolenstürme die Stadt in ein Trümmerfeld. Erst nach 1860 siedelten die Osmanen dort wieder tscherkessische und tschetschenische Stämme an.