Pilze galten lange als Pflanzen. Doch Pilzen fehlt der grüne Farbstoff Chlorophyll, der Pflanzen zur Photosynthese befähigt. Ihr Stoffwechsel ist deshalb auf organische Substanzen anderer Lebewesen angewiesen. Dazu verfolgen die Pilze unterschiedliche Strategien. Die Fäulnisbewohner oder Saprophyten leben von abgestorbenem organischem Gewebe. Zu dieser Gruppe gehören Schimmelpilze wie die Aspergillus-Arten.
Andere Pilze nisten sich als Parasiten in lebende Organismen ein und ernähren sich auf diese Weise. Unter den Pilz-Parasiten finden sich viele Pflanzenschädlinge wie der Mehltau und die Erreger der Kartoffelfäule.
Eine dritte Gruppe, die Symbionten, gehen mit Wirtsorganismen eine Lebensgemeinschaft zu beiderseitigem Nutzen ein. Etwa 80 Prozent aller Pflanzen leben in Symbiose mit Pilzen, zum Beispiel den Speisepilzen. Die Lebensgemeinschaft zwischen Pilzen und Pflanzen wird auch als Mykorrhiza bezeichnet.
Für die Medizin sind Pilze als Wirkstoffspender ein unverzichtbares Reservoir. Zahlreiche Antibiotika wie Penizillin oder Cephalosporin wurden ursprünglich aus Pilzen gewonnen. Wirkstoffe zur Behandlung von Rheuma wie Cyclosporin A oder die als Cholesterin-Senker eingesetzten Statine haben ebenfalls eine pilzige Herkunft. Andererseits produzieren Pilze eine Reihe von Toxinen. So starben in früheren Jahrhunderten Millionen von Menschen einen qualvollen Tod durch das „Antoniusfeuer“, das vom Gift eines Getreidepilzes (Mutterkornpilz, Claviceps purpurea) ausgelöst wurde.
Heute werden gentechnisch veränderte Pilze als Produzenten von Zitronensäure (Aspergillus niger) oder von Enzymen zur Käseherstellung (Aspergillus oryzae) eingesetzt. Aspergillus oryzae liefert zudem einen großen Teil der in Waschmitteln steckenden fettlösenden Enzyme.