Das Magnetfeld von Merkur, zeigen die Messenger-Daten, hat grundsätzlich zwar die gleiche Form wie das Erdmagnetfeld. Es ähnelt dem Feld eines Stabmagneten. Allerdings ist Merkurs Feld asymmetrisch. Auf der Nordhalbkugel ist es stärker, weshalb der magnetische Äquator gut 500 Kilometer nördlich des geographischen Äquators liegt. Als Folge ist die Südhemisphäre dem Bombardement des Sonnenwindes mit energiereichen Teilchen wesentlich stärker ausgesetzt als die Nordhalbkugel.
Auch die Gesteine an Merkurs Oberfläche haben eine andere chemische Zusammensetzung als erwartet. Die Forscher untersuchten das Verhältnis verschiedener Elemente mit dem Röntgenspektrometer von Messenger. Die Daten zeigen, dass Merkur mehr flüchtige Elemente enthält als vermutet, und dass seine Bestandteile nicht besonders stark oxidiert sind.
Einige Theorien zur Entstehung des Planeten, der einen verhältnismäßig großen Eisenkern besitzt, lassen sich nun ausschließen. So erscheint es nach Messengers Messungen unwahrscheinlich, dass Merkur eine Art Schlackeball ist, der in der Nähe der Sonne so stark erhitzt wurde, dass alle flüchtigen Elemente verdampften. Derzeit favorisieren die Forscher die Theorie, dass Merkur einen großen Teil seines Gesteinsmantels bei einem Zusammenstoß mit einem anderen Himmelskörper verlor.
Die neuen Aufnahmen von der Oberfläche enthüllen eine Welt, die von vielen Kratern überzogen ist, auf der es aber auch lange Zeit starken Vulkanismus gab. Am Nordpol befinden sich ausgedehnte Ablagerungen von Vulkangestein, die teils mehrere Kilometer dick sind. Am Boden einiger Krater entdeckten die Forscher merkwürdige helle Flecken, deren Herkunft sie sich nicht genau erklären können. „Sie sehen anders aus als alles, was wir vom Mond oder auch Merkur bisher kannten“, sagt Brett Denevi von der Johns Hopkins University. „Sie sehen aus wie geätzt und scheinen relativ jung zu sein.“
Messengers offizielle Mission dauert noch drei weitere Merkur-Jahre, also insgesamt 264 Tage. Die Sonde war im Sommer 2004 gestartet und musste einen komplizierten Kurs einschlagen, um überhaupt in die Umlaufbahn eintreten zu können.