Eiweiße oder Proteine bestehen aus sogenannten Aminosäuren, die miteinander zu Ketten verknüpft sind. Obgleich den Forschern aus den Knochen des T. rex lediglich sechs relativ kurze Proteinteilstücke mit insgesamt nur 89 Aminosäuren zur Verfügung standen, erzielten sie nach eigenen Angaben ein vergleichsweise zuverlässiges Ergebnis über die Verwandtschaft zwischen Vögeln und Dinosauriern. „Wir zeigen, dass Tyrannosaurus enger mit Vögeln als mit heutigen Reptilien verwandt ist“, sagt John Asara, einer der Autoren. Bis ins letzte Detail könne der Stammbaum mit den vorliegenden Sequenzdaten zwar noch nicht aufgeschlüsselt werden, räumt der Forscher ein. Aber: „Wahrscheinlich liegt der abzweigende Ast von Tyrannosaurus rex im Stammbaum des Lebens zwischen den Ästen von Alligatoren und dem von Vögeln wie Huhn und Strauß.“
In einem ähnlichen Experiment verglichen die Forscher Kollagen-Proteine aus heute lebenden Elefanten mit Kollagen, das aus den Knochen von Mastodon, einer ausgestorbenen Rüsseltierart, isoliert worden war. Damit konnten sie die bereits vermutete enge Verwandtschaft zwischen beiden Tierarten bestätigen. Die Forscher glauben, dass die von ihnen angewandte Methode auch bei der Aufklärung anderer unklarer Verwandtschaftsverhältnisse im Stammbaum der Wirbeltiere weiterhelfen könnte.