Deep Space 1 war für diese Mission nicht vorgesehen. Ihre ursprünglichen Aufgaben, darunter das Testen eines neuartigen Ionenantriebs und ein Vorbeiflug am Asteroiden 9969 Braille, hatte die Sonde im September 1999 erfolgreich erledigt. Als die NASA damals gerade beschlossen hatte, die zu diesem Zeitpunkt noch voll funktionsfähige Sonde als Bonus-Mission noch zum Kometen Borrelly zu schicken, fiel ihr optisches Navigationssystem aus.
„Es ist so, als ob wir sie seitdem mit Klebeband und guten Wünschen am Fliegen gehalten hätten“, sagt Rayman. Die Aufgaben des Navigationssystems übertrug die NASA an die optische Kamera der Sonde. Da diese aber beim Vorbeiflug Fotos vom Kometenkern schießen sollte, musste die Navigation vorübergehend auf ein für diesen Zweck nur unzureichend geeignetes Gyroskop übertragen werden. Zwei Ionen- und Elektronenmessgeräte, die eigentlich dazu gedacht waren, den Ionenantrieb der Sonde zu überwachen, setzte die NASA während des Vorbeifluges zur Vermessung der Staubwolke ein.
Wenn alle Daten des Vorbeifluges zur Erde übersandt sind, will die NASA noch einige Tests des Ionenantriebs durchführen. Ende November soll die Kommunikation mit der Sonde abgebrochen werden.
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