Das glauben auch Martin und seine Kollegen und führen dabei das sehr geringe Hirnvolumen des Hobbitmenschen an. Dieses deute nicht darauf hin, dass sich das zwergenhafte Wesen in der Abgeschiedenheit der Insel aus einem größeren menschlichen Vorfahren entwickelt hat, schreiben die Forscher. Ein solches evolutionäres Schrumpfen wird zwar bei vielen Tierarten in abgelegenen Gegenden mit geringem Nahrungsangebot immer wieder beobachtet, doch ist das Gehirn von der Verkleinerung meist kaum betroffen. Das Gehirnvolumen des Hobbitmenschen sei für eine solche Entwicklung definitiv zu klein, erklärt Martin.
Hauptkritikpunkt der Forscher ist jedoch das Verfahren, mit dem US-Wissenschaftler im März 2005 die Möglichkeit einer solchen Mikrozephalie ausgeschlossen und den Hobbitmenschen gleichzeitig als direkten Nachkommen des Homo erectus und damit als eigene Art eingeordnet hatten: Die Wissenschaftler um Dean Falk von der Staatsuniversität von Florida in Tallahassee hatten dazu die Gehirne mehrerer Frühmenschenarten und -gattungen sowie den Schädel eines Menschen mit Mikrozephalie miteinander verglichen. Da dieser Schädel jedoch von einem 10-jährigen Kind stammte und zudem schlecht erhalten war, seien die Ergebnisse der Untersuchung nicht tragfähig, argumentieren Martin und seine Kollegen. Die Einordnung als eigene Menschenart sei verfrüht und durch das große Medienecho beeinflusst gewesen, das der Fund damals auslöste, kritisieren die Wissenschaftler. Dean Falk und ihre Kollegen weisen diese Kritik hingegen heftig zurück.