Die Umweltverbände forderten die beteiligten Landesregierungen auf, den Bedarf eines Tiefwasserhafens gründlich zu prüfen. Dabei sollten nicht nur wirtschaftliche Aspekte, sondern auch Umweltbelange berücksichtigt werden. Für den Bau eines solchen Hafens sind nach Darstellung der Verbände massive Ausbaggerungen in den Flussmündungen von Jade und Elbe notwendig. Das führe zu einer kanalartigen Flussmündung und damit zu einer drastischen Veränderung des Ökosystems.
AKN, BUND und WWF warnten im Zusammenhang mit dem Hafenbau zudem vor zunehmendem Hinterlandverkehr. „Entscheiden sich die Landesregierungen für Wilhelmshaven, wird sicherlich die A 1 zwischen Bremen und Hamburg ausgebaut“, befürchten die Umweltschützer. Bei einer Entscheidung für Cuxhaven sei mit einem Ausbau der B 73 zu rechnen.