Werden die Eier eines gesunden Weibchens von einem infizierten Männchen befruchtet, so würde in jedem Fall gesunder Nachwuchs geboren, da die Spermien Wolbachia ja nicht übertragen können. Schlecht für das Bakterium, noch schlechter jedoch, wenn der Nachwuchs eine gesundes Wespenweibchen wäre, das fortan gesunde Kinder hervorbrächte. Darum stellt Wolbachia die Weichen der Befruchtung zu Gunsten des kleineren Übels: Aus gesunder Wespendame und krankem Wespenmann geht immer ein Männchen hervor, wenn auch ein gesundes. Diese Strategie senkt langfristig die Zahl gesunder Wespenweibchen. Oder anders herum betrachtet: Die Zahl infizierter Weibchen wächst. Beste Möglichkeiten für Wolbachia, auch in Zukunft über deren Eier viele Wirte zu finden.
Wie tief das Bakterium für die Geschlechtsmanipulation seines Wirtes in die Trickkiste greift, zeigen insbesondere die molekularen Vorgänge bei der Verschmelzung von Eizelle und Spermium. Normalerweise brechen die Chromosomenhüllen von Männchen und Weibchen gleichzeitig auf, um dann je zur Hälfte Erbgut für das Junge beizusteuern. Wolbachia greift in diesen Zeitablauf ein, indem es die Chromosomenhülle des Männchen einige Minuten früher öffnet. Folglich kommt eine männliche Wespe auf die Welt.