Es gibt jedoch Hinweise auf den englischen Mathematiker John Dee (1527 ? 1609). Der hielt sich von 1582 bis 1586 in Prag auf. Im Oktober 1586 schreibt er in seinem Tagebuch, dass er 630 Golddukaten besitzt. Sein Sohn erinnerte sich später daran, dass sein Vater während dieser Zeit ein Buch mit „Hieroglyphen“ besaß, mit dem er sich oft beschäftigte.
Mitte des 17. Jahrhunderts wurde das Manuskript zur Untersuchung an den römischen Gelehrten und Jesuiten Athanasius Kircher übersandt, einer der führenden Kryptografie-Experten der damaligen Zeit. Vermutlich konnte er es nicht entschlüsseln. Hier verliert sich zunächst die Spur des Manuskripts. Wiederentdeckt wurde es 1912 in einem italienischen Jesuitenkolleg von Wilfried Voynich, nach dem es heute benannt ist.
Neben dem bisher nicht entschlüsselten Text enthält das Manuskript zahlreiche Illustrationen. Ein großer Teil davon zeigt Pflanzen. Die meisten konnten jedoch nicht identifiziert werden. Dagegen konnte man auf einigen astronomischen Abbildungen die im westlichen Kulturkreis gebräuchlichen zwölf Tierkreiszeichen erkennen. Das spricht dafür, dass das Voynich-Manuskript in Europa entstanden ist.
In den 1970er Jahren untersuchte der Kryptografie-Experte Prescutt Currier von der US-Navy im Text des Manuskripts die statistische Häufigkeit der Zeichen und Worte. Auf einem Voynich-Symposium des US-Geheimdienstes National Security Agency kam er zu dem Schluss, dass mindestens zwei Personen an dem Text gearbeitet haben müssen ? seiner Meinung nach ein Argument gegen die „Schabernack-Theorie“, derzufolge ein Scherzbold oder Betrüger der Urheber des Manuskripts ist.
Ein weiteres Argument gegen die Schabernack-Theorie ist, dass die Wortverteilung dem Zipfschen Gesetz gehorcht, wie es alle natürlichen Sprachen tun. Es scheint unwahrscheinlich, dass ein Betrüger diese Verteilung zufällig zustande gebracht hat. Denn das Zipfsche Gesetz ist erst seit 1935 bekannt.
Gordon Rugg glaubt jedoch, dass seine Reproduktion von charakteristischen Texteigenschaften für die Schabernack-Theorie spricht. Als Urheber tippt er auf den Esoteriker Edward Kelley, der behauptete, mit Engeln und Geistern in Kontakt zu stehen und ein Bekannter von John Dee war. Rugg hält es für möglich, dass die beiden das Manuskript gemeinsam hergestellt haben.