Von 1209 bis 1229 führte die Kirche auf Initiative Papst Innozenz’ III. einen Kreuzzug gegen die Katharer (auch Albigenser genannt) in Südfrankreich. Unter dem Schutz des lokalen Adels hatte die als häretisch geltende Glaubensgemeinschaft dort seit der Mitte des 12. Jahrhunderts eine streng hierarchische Gegenkirche errichtet. Die Katharer predigten Armut, Askese und völlige sexuelle Enthaltsamkeit, lehnten das Alte Testament ab und sahen nur in der jenseitigen Welt eine Schöpfung Gottes. Eine nach der anderen fielen die Hochburgen der Katharer an die Kreuzritter: Béziers, Carcassonne, Albi und etliche mehr, bis der Kreuzzug 1229 beendet wurde. Einzig die Burg Montségur in Südfrankreich, der Hauptsitz der Katharer, blieb aufgrund der schwer zugänglichen Höhenlage von Angriffen verschont. „Synagoge des Satans“ nannte ein Zeitgenosse die Bergfestung der letzten verbliebenen Katharer.
Wahrscheinlich veranlasste ein von ihnen verübtes Attentat auf den Chefinquisitor des Languedoc die französische Krone, schließlich doch gegen den Montségur vorzugehen. Im Mai 1243 begannen Truppen unter dem Befehl des königlichen Seneschalls von Carcassonne Hugues d’Arcis und der Erzbischöfe von Narbonne und Albi die Belagerung. Nach zehn Monaten gelang den Belagerern die Einnahme der Burg: Am 16. März 1244 gaben die Katharer auf. Keiner von ihnen wollte seinem Glauben abschwören; sie alle, 225 sollen es gewesen sein, wurden auf dem Scheiterhaufen verbrannt.