Zu Beginn es 16. Jahrhunderts hatten die Belastungen der Bauern im Reich ein neues Höchstmaß erreicht. Steigende Abgaben an die Grundherren, zunehmende Dienstpflichten und die rechtliche Minderstellung in Hörigkeit und Leibeigenschaft führten immer wieder zu einzelnen Aufständen. Noch klagten die Bauern über die Missachtung ihres „Alten Rechts“, doch durch die Reformation erhielten die Proteste eine neue Qualität. Luthers Feststellung, dass „ein Christenmensch … niemandem untertan sei“ („Von der Freiheit eines Christenmenschen“), verstanden die Bauern als Infragestellung der Leibeigenschaft.
1524 kulminierten Unzufriedenheit und neues, durch die Bibel und deren „göttliches Recht“ begründetes Selbstbewusstsein der Bauern in Süddeutschland, Österreich und der Schweiz im „Bauernkrieg“. Während die eher gemäßigten Aufständischen in den „Zwölf Artikeln“ ihre Forderungen nach größerer Gerechtigkeit formulierten, sammelte am 17. März 1525 der radikale Theologe Thomas Müntzer in Mühlhausen Bauernhaufen und Stadtbürger im „Ewigen Rat Gottes“ um sich. Man schwor, kompromisslos gegen die Vertreter des alten Glaubens und der feudalen Ordnung zu kämpfen, doch traten wich‧tige Städte Thüringens nicht bei. Auch die beteiligten Bauernhaufen waren untereinander uneins. Im Mai 1525 wurden die aufständischen Bauern in der Schlacht von Frankenhausen, der letzten großen Schlacht des Bauernkrieges, niedergemetzelt. Thomas Müntzer wurde hingerichtet.