Schon das Frühjahr 1342 war sehr feucht gewesen. Die Schneeschmelze nach einem schneereichen Winter und anhaltende Regenfälle hatten immer wieder für kleinere Überschwemmungen gesorgt. Auf einen nasskalten Frühsommer folgte ein heißer, trockener Juli, der die Böden schnell austrocknen ließ. Vom 19. Juli an zog dann ein Regengebiet mit ungewöhnlich starken Niederschlägen über Deutschland hinweg. Alle großen Flüsse – Rhein, Main, und Donau, Weser, Elbe und Mosel – schwollen in kürzester Zeit bedrohlich an und traten über die Ufer. Der durch die vorangegangene Hitze ausgedörrte Boden konnte die Wassermassen jedoch nicht aufnehmen.
Am 22. Juli, dem Tag der heiligen Magdalena, erreichte das Hochwasser, das seither „Magdalenenflut“ genannt wird, seinen Höhepunkt. Aus Köln wird berichtet, man habe mit Kähnen über die Stadtmauer hinweg fahren können. Brücken wurden weggerissen, Städte und Ländereien überschwemmt. Tausende von Menschen und Zehntausende Tiere verloren ihr Leben. Die Magdalenenflut gilt als die größte Hochwasserkatastrophe des letzten Jahrtausends. Auch wer nicht sein Hab und Gut in den Fluten verloren hatte, litt unter den Folgen der Überschwemmung: Die Vernichtung der Ernte führte in weiten Gebieten zu einer verheerenden Hungersnot. In Angst und Verunsicherung sah mancher das Hochwasser als eine zweite Sintflut und Ausdruck göttlichen Zorns an.